O departamento de Estudos Pós-graduados (DEPG) tem como missão o planeamento, programação, execução e controlo do ensino, conforme definido nos planos de estudos dos cursos.
O DEPG compreende as seguintes áreas de ensino:
a) Área de Ensino de Estudo das Crises e dos Conflitos Armados (AECCA);
b) Área de Ensino de Operações Militares (AEOM);
c) Área de Ensino de Comportamento Humano e Administração de Recursos (AECHAR);
d) Área de Ensino Específico da Marinha (AEEM);
e) Área de Ensino Específico do Exército (AEEE);
f) Área de Ensino Específico da Força Aérea (AEEFA);
g) Área de Ensino Específico da Guarda Nacional Republicana (AEEGNR).
O DEPG dispõe de um Gabinete de Planeamento e Programação (GPP).